Alergjitë jane reaksion i sistemit imun të pjesës së trupit, që bashkon rrjetin e qelizave të veçanta dhe indeve, të cilat ndihmojnë në mbrojtjen e trupit ndaj substancave të panjohura.
Tek njerëzit me alergji, sistemi imunitar i trupit i keqinterpreton disa gjëra që zakonisht janë të parrezikshëm si trupa të huaj apo të rrezikshëm potencialisht. Si rezultat, sistemi imunitar krijon substanca si antitrupat IgE dhe histamina, të cilët çlirohen në rrugët e gjakut për ti luftuar këto substanca të huaja apo potencialisht të rrezikshme. Kjo fillon si reagim nxitës në pjesë të ndryshme të trupit, dhe zhvillon simptomet e alergjisë.
Disa shembuj të organeve që mund të jenë të afektuara nga reaksionet alergjike janë sytë, hunda, lëkura, mushkëritë dhe sistemi i tretjes së ushqimit.
Substancat që “shkrehin” reaksion alergjik në sistemin imun janë të njohura si alergjene.
Shembujt e zakonshëm përfshijnë ushqimin (veçanërisht qumështin, vezët, sojan, arrat, grurin, boronicat, peshkun dhe butakët), helmin e disa insekteve (psh. bletët, grerëzat), polenin e lisave dhe bimëve (si bari, fundërrina e barit të keq), pezmatimet e kafshëve (nga qentë, macet, kuajt, lepujt, etj), grimcat e pluhurit të shtëpisë, sporet e mykut, kemikaliet e ndryshme (psh. tymi i duhanit) dhe disa ilaçe, veçanërisht antibiotikë.
Alergjitë kanë prirje të kalojnë në familje, dhe shihen zakonisht tek njerëzit të cilët kanë poashtu lëkurë alergjike ku kjo gjendje quhet eczema apo gjendja e alergjisë tek mushkëritë që quhet astma.